CEPKA es la segunda organización de CCNN Kichwa más antigua con ámbito de intervención en cuatro provincias de la región. Actualmente, CEPKA tiene 38 comunidades miembros: una recién titulada (Nuevo Lamas), 29 CCNN y 3 CCNN reconocidas por titular, y 2 CCNN y 3 CCNN por reconocer y titular.

En 2001 se conformó la primera junta directiva con su presidente Isidro Sangama Sangama, inscrita en registros públicos en 2002. Durante los primeros años, se invitó a las comunidades Kichwa a formar parte de CEPKA con el objeto de defender los derechos territoriales, y se logró afiliar a comunidades de las provincias de Lamas, El Dorado y Bajo Huallaga. Se enfrentaba a la determinación de la autoridad regional de no admitir la creación  de más CCNN, si no contaban con territorios comunales delimitados y bien definidos, y de desincentivar la conversión de caseríos o centros poblados en CCNN.